要处理好法院审判权与司法鉴定之间的关系。建设工程施工合同案件事实认定较为复杂，往往需要借助工程鉴定对工程造价、工期、质量、修复费用等予以确定。工程鉴定受各种因素制约，难以精准，当事人对鉴定结论的证据效力争议较大。司法实践中，要防止以鉴代审，司法鉴定必须由法院行使审判权确定。人民法院根据施工合同纠纷案件审理需要进行司法鉴定的，要尊重合同中有关工程价款结算方法、标准的约定内容，严格执行工程造价、工程质量等鉴定程序的启动条件，尽量缩减鉴定的范围和次数。应严格把握鉴定的启动程序，避免多次重复鉴定，对于双方当事人对工程价款已经达成结算协议，又主张鉴定的，一般应不予支持。当事人对鉴定意见一部分提出异议且该异议经审查成立的，原则上仅针对该异议部分重新鉴定或补充鉴定，不应随意扩大鉴定范围

观点来源：最高人民法院第一巡回法庭副庭长《当前民商事审判中部分法律适用问题的处理思路》